方方教授在北京儿童医院一直从事小儿神经内科的临床、科研和教学工作，在小儿神经系统疾病的诊断和治疗方面积累了丰富的临床实践经验，对婴儿痉挛发病机制、治疗及脑形态学、线粒体脑肌病的基因诊断和呼吸链酶学测定、儿童多发硬化预后及头颅影像学变化特点、假性肌肥大型肌营养不良基因突变特征及免疫性脑炎、孤独症等方面进行了深入的研究。曾在荷兰接受欧洲抗癫痫联盟的癫痫培训和在日本学习线粒体呼吸链酶测定方法及诊断。
方方教授主持与合作开展科研项目10余项，发表文章20余篇，SCI 4篇。多次参加国内和国外的学术交流，并进行大会发言，文章“Clinical features of mitochondrial DNA A3243G mutation in 47 Chinese families”获日本第53届先天代谢病及第10届亚太代谢病优秀论文奖。2008年获北京市优秀人才资助项目“线粒体病不同组织基因突变的研究”。2008年与北京大学第一医院合作参加国家自然科学基金青年科学基金资助“MELAS表型差异的线粒体基因组遗传背景作用机制的研究”。2010年与北京大学第一医院合作参加首发基金资助“癫痫患儿个体化药物治疗的辅助工具-常用抗癫痫药物儿童群体药代动力学模型的建立”。
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