由于肺炎支原体它没有细胞壁这个结构，因此所有针对细胞壁起作用的抗生素（比如阿莫西林、头孢菌素类等）对它都是无效的，也就是天然耐药。

最近有些孩子使用阿奇霉素也无效了，那是因为肺炎支原体发生了基因突变。当肺炎支原体发生基因突变后，阿奇霉素等大环内酯类抗生素无法再附着于其核糖体亚基上进行干扰破坏，这就像是敌人穿上了一件防弹衣，我们的子弹进不去，于是治疗就无效了。

目前，肺炎支原体耐药基因检测可以实现早期预判病情，精准指导用药。

肺炎支原体耐药基因检测是一种方便的耐药基因检测法，咽拭子样本、痰液、肺泡灌洗液均可作为检测样本。罗莉漫院长表示，在东儿内科门诊中，大多数孩子都做了支原体耐药性的检测，检测的意义主要就是看孩子感染的这个支原体是否对大环内酯耐药。如果孩子耐药基因阳性，临床表现好转，阿奇霉素可以继续应用；如果无好转，吃了阿奇霉素无效不说，还可能会继续承受阿奇霉素胃肠反应的副作用，得不偿失。这时就需要换药了。

在临床中，医生会根据孩子的实际情况选择合适的治疗方案，不是简单将病情进展归结于当前抗菌药物治疗无效，更换抗生素时更是会把握好用药时间、临床及影像表现等指征。